日本傳說中，一名少女吃了人魚肉而不老不死，從此化身為尼流浪各地長達八百年，被稱為八百比丘尼，水の旋律劇情即述說其不幸命運與血脈傳承。
八百比丘尼血脈衍生出的兩個種族
八百比丘尼是個可憐的女子，因擁有能夠控制天氣變化的「天泣之力」而引起覬覦者爭奪，被不把她當人類看待的貪婪人們以酷刑逼迫使用能力，還因治癒之力而斷地遭受著苦痛無法以死解脫，八百年的生命充滿折磨。
她的其漫長生命中有兩次婚姻關係，和以權勢逼迫結婚的第一任丈夫生下的孩子為日後「一謠」的祖先，與第二任丈夫相戀後生下的孩子為日後「九艘」的祖先，只有後者繼承了治癒能力與漫長壽命。
九艘一族純血壽命約四百年，不但擁有特殊能力，生來就伴隨漫長生命與治癒能力，並可藉「割血」將普通人類變成「九艘」但無法割血給「一謠」，他們遭到人類社會排斥與殘酷對待，多生活在隱藏起來的鄉里，僅和族人通婚，並慢慢產生強烈的優越感、排斥他族群。
一謠一族壽命僅略長於人類，除了特殊能力，其餘與普通人差異不大，多與人類通婚，因對生老病死的苦痛無能為力而遷怒於屬同一血緣的九艘一族，不滿其自以為血統高貴的排他意識，握有唯一能致「九艘」於死的太刀。
想法愈來愈分歧的兩族交流漸少，終於某次爆發衝突產生互相殺戮的悲慘結果，兩族都死去許多同伴，無法被抹滅的仇恨讓「一謠」持續狩獵「九艘」。
覺醒九艘之血並被捲入兩族恩怨的少女
反應都寫在臉上的少女白石陽菜在父母遠赴海外工作時選擇留在日本唸高中，她回到小時候搬離的城鎮，成為入住尚和高校宿舍的新生。
開學典禮上和青梅竹馬仁美、憲吾重逢憶起小時候的種種，並在憲吾的介紹下認識了在研究傳說的大學生手塚前輩。
之後遇上似乎被狙擊的危險，隔天就消失的傷口讓她非常不安，想起曾幫過她的拓哉學長當時也是一樣的情況便詢問他，之後得知桐原老師和拓哉學長的兄弟關係，然似乎知道很多的兩人什麼也不告訴她，只要她別一個人回去。
不明所以的她某天被持著太刀的片瀨狙擊，之後陪仁美參加「尚和」和「葉光」兩校茶道社交流活動後被葉光的加加良、明月叫住表示「如果遇到很難對別人開口的奇怪事情，歡迎去找他們商量」。
可攻略角色分為九艘、一謠和茶吞書房等三方陣營。
九艘的桐原兄弟知道陽菜身體變化的原因，並從長老得知陽菜具有強大的「天泣之力」，因此兩人來到了她的身旁監視保護。
一謠一族能傷害「九艘」的太刀僅剩三把，分別由明月、片瀨、設樂三家所持有，被太刀選中的人就必須成為族長加々良家的護衛，其中一謠族長之子愁一和明月家護衛圭兩人對兩族鬥爭與血腥感到厭煩，片瀨哲生因一再失去重要人們的人往事而敵視「九艘」，拿著太刀以敵人姿態出現在陽菜面前。
在茶吞書房工作的新野憲吾、手塚京輔因與陽菜熟識而在她發生危險時涉入其中，發揮出普通人類賭上一切也不容小覷的力量。
眾人就這樣在不同立場與處境下和「九艘之血覺醒中」陽菜的相遇並相戀。
種族壽命差異帶來的遺憾
拓哉為壽命400年的純血九艘，與壽命約300年的後天九艘陽菜相差100年，雖然需要面臨死別的時間還久，然壽命差距仍然存在，拓哉得面對陽菜先他而去的情況。
愁一、圭、片瀨身為一謠壽命約120年，和陽菜相差快200年，陽菜將被留下而需要獨自走過失去摯愛的漫長人生。
只有貴人、憲吾和手塚結局，陽菜會作為九艘或恢復人類體質和三人壽命相當。
在愁一或圭的事件中，會因陽菜選擇時候到的那刻「跟隨而去」或「獨自走過往後人生」而有不同對話，片瀨直接了當要陽菜答應他「要活下去」。
對擁有治癒能力的「九艘」而言，除了去找太刀自殺，得獨自活過漫長歲月肯定很難熬，要所愛的人殺了自己也太殘酷。
不過壽命本來就不是定數，搞不好等不到那時感情就已生變，珍惜在一起的現在最重要，只能希望陽菜多生幾個孩子，有兒女陪伴應該能舒緩失去的痛而不那麼寂寞。
話說八百比丘尼活800年，混血九艘活400年，割血剩200~300年，那只要一直跟人類混血下去，壽命到最後豈不是會跟人類無異直接解決問題？
九艘不再擁有一謠痛恨的漫長壽命後，一謠的仇恨會不會漸漸淡化？九艘是不是就不會被視為異類恐懼排擠而能跟人類摯愛朋友一起到老，也解決了只和族人結婚的優生學問題？
無論如何，水之旋律故事中雖述說著族群對立、壽命隔閡，卻也寫出強烈的情感牽絆，一點也不覺得會有變心這回事呢，很喜歡各組CP不同相處模式卻同樣深刻與專注，能清楚浮現兩人肯定會攜手相伴到最後的未來。
追註：2025年改版刪修整理，將原本〈故事背景及主人公〉與〈其他人物與零碎小感〉部分內容合併成一篇並更改標題。
