《劇場版「空の境界」第三章 痛覚残留》改編自奈須蘑菇創作、武內崇插畫的奇幻小說，劇情時間點為1998年7月，少女淺上藤乃擁有讓人身體扭曲而死的強大能力。

追註：台灣於2025年12月底上映，譯為《空之境界劇場版：第三章「痛覺殘留」》，2026年改版將〈動畫「空之境界」劇場版各章簡感〉一文拆開建檔。

一開始就是少女淺上藤乃被輪姦，原罹患無痛症的她在被球棒毆打背部時痛覺遭喚醒，於是能扭曲所有物品的能力爆發，展開了以復仇為名的殺戮。

痛覺殘留……殺再多人也無法止住痛楚。

感覺淺上藤乃某程度和Fate/Stay Night 裡的間桐櫻很相似，不幸的遭遇讓心靈因此扭曲，到最後，就像式說的，藤乃殺人時嘴角是揚起，已經變成在享受凌虐殺戮樂趣。

此章看出幹也的濫好人個性，他學生時代無意間的行為也讓淺上藤乃深深記在心裡，如果沒有式、如果和藤乃有更多交集，或許他會像士郎那樣，變成藤乃為此瘋狂的學長吧？但主角是幹也與式，所以最後是兩人在坍塌大橋附近的身影，那樣互相理解的默契和陪伴很不賴。