由於二代發售前兩個月才剛破一代，記憶猶新下很順利銜接起水の旋律2劇情，能看到更多未揭露的八百比丘尼後代枷鎖與悲哀，每條路線都令人動容。
覆蓋一代認知的二代故事
一百五十多年前一謠九艘聯姻失敗，演變成產生更多仇恨的流血事件與持續性的追殺行為。
十七年前安曇康久與hunter片瀨志津子相戀並私奔，兩人生下兒子手塚京輔，其後遭一謠一族設樂祐治和其兒子幸治追殺（優的祖父、父親），四人皆傷重身亡，手塚京輔因而進入孤兒院「柏木之家」。
兩年前轉學回尚和町的白石陽菜九艘之血覺醒，「天泣之力」引起兩方人馬注意並成為一謠Hunter的狙擊目標，而後一謠一族少年設樂優刺殺當主加々良真秋並教唆水季命令攻入九艘村莊，陽菜使用能力毀掉設樂水斷刀，最後設樂被幽禁、水季離開一謠村子，繼承一謠族長之位的加々良愁一與九艘當主桐原政繼締結和平盟約，陽菜恢復日常生活。
此間一謠與九艘的族長各自為了長久和平而努力，然而兩族之間仍有許多芥蒂，也有不少族人不願就此放下仇恨。
一切本該結束的兩年後風波再起，一謠九艘方均遭遇烏鴉襲擊事件而開始進行巡邏，主戰派懷疑是他方所為、和平派工作量大增，關鍵時刻一謠一族的二代主人公柏木きら被阿修羅太刀選中成為新任Hunter，未來隨之改變。
隨著劇情進展，揭露了一謠九艘所不知的八百比丘尼故事。
為了永遠和深愛的第二任丈夫在一起，八百比丘尼對他進行割血卻失敗了，悲痛不已的她使用人魚之血讓丈夫復活，沒想到對方精神力承受不了最純淨的人魚之血而成為「獸人」。
「獸人」在與追殺他的九艘女子相處時恢復了人類心智並誤以為對方是自己妻子，兩人相戀後孕育了同樣繼承八百比丘尼半數壽命與特殊能力的「八咫」一族。
二百三十年前，一名九艘男子來到八咫村莊尋找追殺「獸人」遲遲不回的同族女子卻發現她被「獸人」所惑，因此說出她是為追殺「獸人」而來一事，讓認為受到欺騙大受打擊的「獸人」發狂失控，野獸部分受刺激被喚醒而殺害了九艘男子與妻子，神智恢復後無法面對自己做出的事，隨後完全變為「獸」。
「獸人」與九艘妻子的兒子樹聽從父親指示將成獸的他封入「八咫鏡」，然一族已陷入慘狀，族人逐漸喪失神智變為獸，未受影響而成為一族首領的樹將自己的血製成血清注射到族人身體以維持其人形和神智，並將原本安穩和平生活被破壞的恨意遷怒到八百比丘尼與其後代一謠、九艘一族身上。
一切都是因為那個九艘男子，要不是他，村子就不會出事，同是八百比丘尼血脈為何只有他們一族要承受這種宛如詛咒般被迫變成怪物的痛苦。
因此八咫首領拋棄「樹」的名字成為「遮那」，與一族躲藏起來，除了在暗地看著一謠和九艘愚蠢地互相殘殺，並聽從「八咫鏡」指示利用能操縱「八咫烏」與「式」的能力試圖將兩族全部消滅。
遮那煽動破壞一百五十年前的聯姻事件、在十七年前告訴兩方人馬叛徒夫妻的住處、在兩年前以血清利用設樂雅暗示操縱設樂優成功殺害了加々良真秋，化身為「齋宮好克」一步步進行計畫的他操縱「八咫烏」襲擊位於尚和町的一謠九艘，企圖得到阿修羅太刀的力量，並讓「天泣之女」白石陽菜成為自己的新娘，實現八咫一族的悲願。
真正罪魁禍首其實是封印著其獸化父親的「八咫鏡」，擁有意志的「八咫鏡」放大了「獸人」的人類部分欲望，被控制的遮那也因而想得到能力最接近八百比丘尼的天泣之女陽菜。
不管哪方都很令人同情，然所犯下的錯、造成的災禍與血腥結果已無法抹滅、死者無法被復活，意識到錯誤的人們只能用餘生贖罪。
但誰說這樣就沒資格得到幸福，不論是九艘方努力復興地位低落安曇家的康秀、背負著祖母傳承束縛的吉乃；一謠方被心中黑暗侵襲而和至親拉開距離的涼、受到滿手鮮血惡夢纏身的優、因犯下大錯離鄉逃避的水季；八咫方被鏡子操縱壞事做盡的遮那、為報答哥哥與族裡恩情而扮演另個模樣配合計畫的好春，全都可以得到幸福，因為有きら！
劇情充滿高潮迭起，前一刻還在萌，下一刻狂笑，之後又心疼得想掉淚，一路跟著眾人走到真相大白終止悲劇的結局，會非常滿足且欣慰。
沒那麼容易「從此過著幸福快樂的日子」，不管是一代或二代人物，種族隔閡並無消滅、壽命差距仍然存在、強大力量遭受覬覦，即使成為戀人也不見得能時時相伴，儘管如此，相愛著的兩人也會緊握著對方的手一起跨越所有難關，故事中描述的濃烈情感就是能讓玩家們產生這樣的確信呢。
牽絆與矛盾並存的一二代人物關係
水之旋律系列的人物關係可說是錯綜複雜、恩怨交加、感情深厚、互動好笑，依種族來看，共有普通人類、九艘、一謠、八咫等四個陣營。
1.人類：手塚京輔、日下部仁美、新野憲吾（僅在憲吾陽菜路線為九艘）。
人類路線相對和平，圍繞在社團、考試、升學求職壓力等上學和玩樂事項，比較有閒情逸致和朋友逛街喝茶。
2.九艘：桐原貴人、桐原拓哉、安曇康秀、式部吉乃、白石陽菜。
九艘壽命長，大多族人一輩子不出村，目前由桐原家擔任族長，尚和高校為其勢力範圍，能輕易安插族人成為老師或學生。
貴人因冷淡性格與資歷讓許多年輕族人感到畏懼、六歲就出村的拓哉和村中族人較沒交集、頗有年少貴人之風的性格嚴謹康秀對出自族長家的桐原兄弟都用敬語、和康秀一起長大性格相反的輕佻吉乃單方面對拓哉有心結看對方不順眼。
剛變成九艘不久的陽菜除了桐原一家沒認識其他人，缺乏九艘自覺、天泣之力也還不穩定的她希望能幫上別人的忙，莽撞行事常被擔心的戀人碎碎念。
3.一謠：加々良愁一 、加々良水季、明月圭 、明月涼、片瀬哲生、設楽優、柏木きら。
一謠勢力最大為族長加々良家及明月、片瀨、設樂hunter三家。
因父親遭謀殺而早早繼位成為現任族長的愁一因過於年輕不太受到身邊人尊敬，最信賴的是一起長大的忠誠護衛圭，於公是愁一不可或缺的助手，於私更是包辦所有家事的超級管家，兩人都和血緣兄長因心結而有點疏遠。
哲生不拘小節的個性在各方面都很吃得開(?)，原為真秋護衛的他與一謠眾人都很熟悉並受到信賴，雖然相處模式為不客氣的吐槽與惹怒彼此。
涼自從圭被太刀選上的那天後，失去自信而沮喪的他在惡意暗示煽動下在內心築起高牆疏遠弟弟，在一謠村子擔任道場師傅的他遠離一族核心事務，和他人相處時溫和有禮如和煦春風，只有對親弟弟圭客氣過頭得宛如陌生人。
長年病弱的水季相較於弟弟愁一，更常和年幼的hunter優相處而培養出濃厚情誼，因種種事件被視為反對和平的主戰派，身不由己讓他更憂鬱，在如哲生那樣只把他當「水季」看待的族人面前才能放鬆，常彈箏抒發壓抑的情緒。
從小被灌輸仇恨教育的設樂優只在乎真心對待他的水季、哲生和涼師傅，和包括愁一、圭在內等其他族人關係疏遠甚至抱持敵意。
きら和陽菜一樣屬於「局外人」，在孤兒院長大的她慢慢發現自己的身世，即使事實再殘酷也堅強著相信自己而走下去。
4.八咫：遮那（齋宮好克、樹）、普賢（柏木好春）。
背負著一族血恨的首領遮那作為全族的希望不斷勉強自己，長年將血液製成血清幫助族人，無法表現出軟弱遲疑也無人可分擔責任，孤獨地度過兩百多年，在八咫鏡操控影響下幾乎失去了自己，只有在弟弟普賢面前還保有一點溫情。
好春十幾歲就被送到柏木之家進行監視任務，脫離了八咫族人的他在安穩人類社會被きら所吸引，但必須靠施打兄長血清維持人形的現實提醒他不可沉溺平和之中，於是他壓下掙扎情緒為了償還哥哥與族人恩情而默默配合計畫。
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除了種族陣營，眾人也因血緣、主從、輩分產生不同組合，能看到豐富的互動模式。
血緣關包括桐原兄弟、明月兄弟、加々良兄弟、八咫兄弟，以及安曇康秀、手塚京輔、片瀬哲生這三個跨種族的不熟堂兄弟。
主從關係基於Hunter護衛身分，能看到加加良家與明月、片瀨、設樂三家的緊密牽絆。
一起長大的青梅竹馬關係則有尚和町三人組（陽菜、仁美、憲吾）、柏木之家三人組（好春、きら、京輔）、九艘同村二人組（康秀、吉乃）、拓哉陽菜一個月的玩伴回憶等，一謠方就算一起長大，主從牽絆遠超過單純玩伴意義。
劇情看似述說特殊種族，然而繼承八百比丘尼血脈的九艘、一謠、八咫即使擁有較長壽命與強悍能力，仍是會哭、會笑、會煩惱、有感情的人類，也同樣深受人類社會與普通人的影響，是充滿真實感的現代奇幻之作。
追註：2025年改版重新刪修整理，將原本〈水の旋律2遊戲整體總感及背景〉中的二代背景與〈新角色之一二代人物關係〉合併成一篇並更改標題。
